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舰队在无尽的宇宙空间中远航，在漆黑而广袤的宇宙中，一支孤零零的人类舰队就像是沙漠中的粒沙子，渺得可怜。
《星际火种2》的开场CG跟《星际火种》的有类似，在故背景上，这两款游戏是一脉承的。
考虑到有一部分玩家可能没玩过《星际火种》的作，《星际火种2》的开场还是要稍微故的背景给交一下。
虽在开头有类似，《星际火种2》跟《星际火种》的CG风格却是完全不同的。
《星际火种》的CG上是用较高的俯瞰视，以一种较宏大的场景来现整个故的背景；而《星际火种2》的CG的风格则是大径庭，视锁定在个身上，给人一种更贴近的感觉。
如在现“虫族进攻”这个场景的时候，《星际火种》主要是用俯瞰视现出铺盖地的虫海，用双方军力的对悬殊现出人类处于的劣势地；而《星际火种2》则是现了一个普士兵的视，他到了像一座般庞大的雷虫，到了地底神出鬼没突出现的沙虫，到了普的跳虫轻而易举地撕裂了士兵的身躯……这种亲历感让整个游戏画面更震撼。
这种区主要是为两款游戏的类型完全不同，《星际火种》是策略类游戏，而《星际火种2》则是FPS游戏。
CG的后半段主要是在现人类跟虫族的一大规模战争，CG中的主视是一名士兵，他是驾驶甲迎战虫族，在甲毁之后用身上的枪械继续战斗，打得非激烈。
在CG的后，英勇战斗的士兵庞大的雷虫给甩飞，掉一个巨大的坑洞中，画面一黑。
与同时，CG的旁白也恰进行到尾声。
“……为了全人类在宇宙中的后一丝火种，人类开始了艰难的生之。”
“而作为一名战士，的目标有一个，就是：尽一切办法下。”