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当叶雄小组降落在企业号航空母舰的甲板时，刚好侦察机发现飞龙号并传回了报告。叶雄虽然有心再次驾驶飞机升空，无奈之前惨烈的战斗，身体和精神上的消耗及其严重，只能眼睁睁的看着自己的战友们驾驶着飞机，从企业号上的甲板上起飞。心情郁闷的叶雄只能叼着一块巧克力，慢慢悠悠的走到企业号舰桥上的指挥室。
叶雄刚走进指挥室，卡迪夫就立即向叶雄敬礼：“长官好”，叶雄回了一礼，看向了斯普鲁恩斯少将。
斯普鲁恩斯把视线从海图上面收了回来，抬起头看见正拿着巧克力啃的叶雄，笑着说：“我们的大英雄回来了，怎么就吃巧克力打发？”
叶雄：“本来是想再次起飞的，没想到身体和精神不争气，支撑不下，只好过来看看有什么能够帮忙的。”
斯普鲁恩斯笑着说：“只要我们不自己犯错，现在就没有什么事情了。”
当美军企业号和大黄蜂号航空母舰的战机飞到飞龙号的上空时，因为日本人只剩下这艘航母，日本的护卫战舰把飞龙号层层围在中间。因为飞龙号航母上面只剩下6架零式战斗机，5架俯冲轰炸机和4架鱼雷机，山口多闻还准备利用这几架飞机发动第三波袭击，整个舰队上方都没有战斗机进行预警和保护。当轰炸机飞到飞龙号的上方时，日本的护卫舰队才有反应。飞龙号的舰长拼了命将船舵往左打死，试图避开从天而降的炸弹。飞龙号极速向左转弯连续躲过美军4次俯冲攻击，但是更多的美军俯冲轰炸机冲了下来。但是一切都已经来不及了，飞龙号当即命中4弹，其中两颗命中舰桥部分，1颗命中前甲板，最后1颗更是命中动力室。火药爆炸的声音不断的从飞龙号上传来，显然是引爆了飞龙号上存放的炸弹和鱼雷，当美军飞机准备撤退的时候，又传来了一声巨响，看起来汽油库也被引燃爆炸。
山口多闻看着不断燃烧爆炸的飞龙号，欲哭无泪，只得下令全体船员弃舰转移。“我将与本舰共存亡，我命令你们全体离舰，继续为天皇阁下效忠。”
临别前，山口多闻从旁边的一只水桶里倒了一杯淡水，同幕僚们黯然饮别，又把他的黑色战斗帽递给伊藤，作为纪念品，然后用布把自己绑在舰桥上。随后，日本驱逐舰风云号和夕云号向飞龙号航母发射了鱼雷，在阵阵爆炸声中，飞龙号开始缓缓下沉。
山本五十六在西边几百英里之外的超级战舰大和号上，看着他的伟大设想走向败亡。刚过中午，当听到南云4艘航空母舰中的3艘被摧毁，山本五十六开始改组他的舰队，准备进行最后一博。
一连串的命令被发布下去。中途岛的攻击部队被撤出战斗。6艘战列舰，4艘重型巡洋舰，还有1艘潜艇，行驶在前往中途岛的海面上。所有其它的战舰－－包括阿留申群岛的舰队都被命令去寻找歼灭美国的舰队。但一切都太晚了，阿留申群岛的舰队至少要花一天时间才能赶到。
山本五十六在得知飞龙号也重创沉没后，终于知道大势已去，中途岛之战已成败局，无法挽回。取消了继续进攻中途岛的决定，改为引诱美军舰队进入以威克岛为基地的陆军飞机作战半径之内，然后一举予以歼灭的决定。
但是令山本万万没想到的是此时的企业号上斯普鲁恩斯正在和他的参谋们讨论撤退事宜。
“将军阁下，你准备撤退了？”叶雄问道。
“是的，我们舰队的燃油消耗十分惊人，再打下去，燃油就不够了，我已经通知下去了，全舰队准备返回珍珠港。”
叶雄想了一下，这场战斗是以3艘航母同日本4艘航母对抗，在损失1艘航母的情况下，将日本人的4艘航母全部弄到太平洋海底去喂王八了。这个时候撤退也没什么，不过：“将军阁下，我这边收到山本五十六的计划，他准备用第七重巡洋舰战队的熊野号、铃谷号、三隈号和最上号殿后，引诱我军的航空母舰前去攻击，将我军诱入威克岛的陆基飞机作战半径内，配合他手上的舰队进行消灭。”
斯普鲁恩斯想了想：“参谋A，我们手上的燃油还足够舰载机发起一波进攻吗？”
参谋A：“可以，不过到时只能直线撤回珍珠港了，万一被日本军舰追击的话，燃油就不够。”
斯普鲁恩斯：“那我们就发动一次进攻，这样日本人以为我们会继续追击他们的巡洋舰的时候，我们却返回珍珠港，让他们提心吊胆在大海上到处搜索我们的踪迹。”
大家脑补了一下那个画面，指挥室里面传来一连串的笑声。
随后，企业号和大黄蜂号立即安排俯冲式轰炸机起飞，另外，斯普鲁恩斯也通知中途岛上的守军出动陆军的B－17轰炸机，一起向日本殿后的重巡洋舰编队发起进攻。
可怜的日军重巡洋舰，由于之前大型航母已经损失殆尽，而山本五十六为了诱敌，不敢把自己手头上的轻型航母派出来保护。更加不幸的是，由于海上浓雾的影响，最上号和三隈号转向时互撞，最上号重创，三隈号及另两艘驱逐舰留下护航。缺乏空中掩护的日军舰队，没多久，三隈号就被击沉，最上号重伤。当三条重巡洋舰驶入威克岛陆基飞机作战半径等待美军航母舰队出现，等了半天，却发现连一架舰载机都没有过来，山本五十六这才知道美军舰队已经撤退了，诱敌策略宣布破产。
中途岛战役至此结束。嗜好豪赌的山本五十六，这次输了个底朝天。山本五十六表示：“所有责任由我一个人来担，我去向天皇陛下请罪。”之后，他把自己关进会客室，一连三天拒绝会见不下。
美日双方的战舰与6月6日先后撤出交战海域，中途岛战役以日军的惨败结束。日本第一航空母舰编队的4艘重型航空母舰全军覆没，日本的海军飞行员精英在48小时内几乎全部葬身于太平洋海底。太平洋战场上日本海军一家独大的局面被终结。