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最先遭到攻击的是约克城号，危机之中约克城号的舰长巴克马斯特亲自操作船舵，成功避开了海面上冲过来得鱼雷。但是好运气没能一直常伴约克城号，约克城号没能躲过从高空投下来的日本俯冲轰炸机得炸弹，一颗500磅中的炸弹从空中坠下，穿透了飞行甲板，在甲板下面的储藏室里面爆炸，当场炸死37人，并引起大火。不过此次爆炸并未影响到约克城号的动力系统和舰载机的起飞与降落，算是不幸中的万幸。
不过附近的列克星敦号就没有那么幸运了，由于比约克城号吨位更大，回圈半径较大，转弯相对来说更不灵活。日机投射的13条鱼雷中有2条击中该舰左舷，使其锅炉舱有三处进水，极大的影响到了列克星敦号的动力系统。当列克星敦号正在拼命规避鱼雷时，屋漏偏遭连夜雨，日本轰炸机队又开始对其进行攻击，结果又有2颗炸弹命中目标。
在列克星敦号的水手们同飞行甲板底下深处的可怕景象进行一场不可能取胜的战斗时，约克城号也中弹了，密码室已被一颗炸弹炸得粉碎，雷达失去了效用，俯冲轰炸机攻击队队长奥尔特海军中校和他的报务员在攻击翔鹤号后返航时飞机受损，并发现自己处于飞行员的最危险的境地－在苍茫大海的上空迷失了方向，而油位指针在零度上面晃动。奥尔特用无线电呼叫到约克城号。
约克城号：“最近的陆地在两百英里开外。”
奥尔特：“我们永远到不了那里。”
约克城号：“靠你自己了。祝你顺利。”
奥尔特：“请向列克星敦号转达。我们把一颗一千磅的炸弹丢到一艘军舰上了。我们两人都报告了两、三次。敌人战斗机飞来了。我改向北飞行。请告诉我你们是否收听到我的话。”
约克城号：“收听到了。靠你自己了。我将转达你的话。祝你顺利。”
奥尔特：“好，再见。我们的一颗一千磅的炸弹击中了一艘军舰！”
说完，奥尔特的飞机就一头栽入海里，当冰冷的海水渐渐漫过奥尔特和他的报务员身上的时候，两个人努力从机舱里面逃了出去。虽然知道在现在这种条件下，两个人多半难以幸免，但是人类求生的本能支配下，还是努力向前游。突然不远处海面上缓缓升起潜艇，两个人都惊呆了，以至于都忘了往前划。直到潜艇上的人员将两个救生圈扔到他们两个人附近，并示意他们尽快游过来，两个人才如梦初醒，奋力游了过去。
当奥尔特两个人进入潜艇后，潜艇立即潜入深海中。这时一艘日本的驱逐舰赶到了事发海域，深水炸弹不要钱似的拼命往下投，幸运的是，虽然有些炸弹在潜艇附近爆炸，万幸只是让潜艇上的人员站立不稳，没有更加糟糕的事情发生。
潜艇里面，乔治等人站成一排隆重欢迎奥尔特两人的到来。乔治用力的拥抱了一下奥尔特：“伙计们，我们现在带你们俩回家。”
“可是我们上方的战斗还在继续，现在这个时候就返回珍珠港是不是有点早？”奥尔特疑惑道。
叶雄看着奥尔特两人：“我们出发之前安排的任务是在条件允许的情况下偷袭日本航母，我们之前已经做过了，但是鱼雷质量太差，击中航母却不爆炸，我们准备将剩下的鱼雷带回去珍珠港去，让那群光拿薪水不干活的军械局和鱼雷局的设计人员看看他们设计的鱼雷又多么的不靠谱。我们的另一个任务是尽可能营救落水的飞行员，现在看来这个任务完成的还不错，另外潜艇上的物资也差不多到底了，再不返航，到时可就变成飞翔的荷兰人。而且我们的两艘航母基本无力再战，佛莱彻少将应该很快会通知返航的”
这场遭遇战只持续十三分钟，日本人飞走的时候，兴高采烈地报告他们替前一天祥凤号的失败报了仇，毫不含糊地击沉了一艘大型航空母舰和一艘中型航空母舰。但是实际上，列克星敦号尽管被鱼雷和炸弹击中，并且产生7度横倾，但是该舰调整燃油之后，恢复了平衡，继续接纳返航的飞机着舰。同时为战斗机加油加强制空。期间由于燃油泄漏，列克星敦号舰内突然发生爆炸，并引起大火，火势迅速蔓延，以至于无法控制。下午15时左右，舰长下令全体舰员离舰。17时许，费尔普斯号驱逐舰奉命对其发射5条鱼雷，列克星敦号于17时56分沉没。已经降落到该舰上的36架飞机也随之沉入大海。
美第17特混舰队约克城号上虽然尚有轰炸机和鱼雷机27架、战斗机12架，但已入夜，弗莱切无意再战，遂率领剩余的舰队趁着夜色撤离了战场。
“叶雄你的预测真准，佛莱彻少将果然发布了撤离战场的通知。”乔治欣喜的对着叶雄说道。
叶雄目无表情的看着乔治：“很正常啊，最重要的战力，列克星敦号沉没，约克城号重伤，这个时候不走，明天日本人反应过来，想走都走不了了。”
第二天，瑞鹤号的飞行员为追击美舰再次进行侦察巡逻时，海上只有列克星敦号的残骸了。
5月10日，日军采取了一次军事示威行动，意在挽回珊瑚海战中丢失的面子。他们派一支部队占领了大洋岛和瑙鲁岛这两个岛屿。尼米兹将计就计，电令哈尔西赶赴东所罗门群岛500海里内的海域。让“大黄蜂”号和“企业”号及第16特混舰队摆开阵势，意在迷惑对方，使日军相信太平洋舰队的所有航空母舰都已抵达南太平洋，从而牵制日军北上进攻的兵力。此招果然奏效，日进攻部队发现美航空母舰之后，慌忙撤出了所占岛屿，并在南太平洋海域排兵布阵。至此，有关珊瑚海海战的烟云完全消散，日美双方开始在表面的平静中酝酿新的攻势。