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导序列富含AT碱，于CRISPR上游，一般认为是CRISPR序列的启动子。
复序列，长度约20–50bp碱且包含5–7bp序列，转录产物可以成发卡结构，稳定RNA的整体二级结构。
间隔序列是细菌俘获的源DNA序列。
这就当于细菌免疫统的“黑名单”，当这源遗传物质再侵时，CRISPR/Cas统就会予以精确打击。
Cas于CRISPR附近分散于组他地方，这个编码的蛋白均可与CRISPR序列区域共同发生作用。
所以这个名为CRISPR关联。
CRISPR-Cas9一般分为三个阶段。
一阶段是CRISPR的高度可变的间隔区俘获源DNA，登记“黑名单”。
实就是来侵的噬菌体是质粒DNA的一小段DNA序列整到宿主菌的组，整的置于CRRSPR的5'端的两个复序列之间。
所以CRISPR座中的间隔序列从5'到3'的(应该没有人不吧，就不释了)排列也记录了源遗传物质侵的时间顺序。
间隔序列可以分为三步获得。
是扫描侵的DNA，且识出来，之后就将靠近PAM(点)的DNA序列作为选择的型间隔序列。
之后是Cas1/2蛋白复物将间隔序列从源DNA中剪切下来，在他酶的协助下将间隔序列插临近CRISPR序列导区的下游。
后是DNA修复，到这个时候，DNA会将打开的双链缺口闭。
这样一来，一段的间隔序列就添加到了组的CRISPR序列之中。