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飞船派的人在数年的治运作无后，已经在密谋抢夺飞船，进叛逃。
在游戏的这个阶段，玩的主要动区域是在损坏的舰队区域。大的工师在对飞船进拆、修复，罗舟这士兵们则是负责巡逻、站岗，面上是在警惕虫族的威胁，实际上是为了防范飞船派的人。
在一批飞船成功修复后，星发动附近突发现虫族动的痕迹，士兵们紧急征召往迎战虫族，罗舟则是按照挥官的示继续保护飞船。飞船派发动叛乱要抢夺飞船，主所在的队跟叛军激烈交火，终在共同努下，成功击败叛军，粉碎了飞船派的计划。
这的战斗内容是一较长的电影，全是在星际战舰所在的场景进的。
在星际战舰，严禁大型作战武器进禁区，还是有大的叛军过种种方混了进来。这叛军的目的就是夺取星际战舰叛逃，罗舟的队和他战士们在星际战舰内跟叛军激烈交火，终将他们全消灭。
不过在战斗的后，恼羞成怒的叛军孤注一掷，用了殊的生武器，虽战斗终结束了，罗舟和多士兵遭受创。
执官决定让这批战士进冬眠，过械义肢技术修复他们的身，让他们在未来的某个时间再复。
虽这成功瓦了飞船派的图谋，执官识到这可能是一试探，真的飞船派组织隐藏一定深，在未来还有可能会卷土来。所以，他在暗地里给这批冬眠的战士一份殊的，就是在己死后，也能保证星际火种计划可以顺地推下。
三阶段的内容到为止，这个阶段算是剧半段的一个潮，电影能够大限地激发玩的绪，种大场面的营造让玩的肾上腺素激增。在战斗中，穷凶极恶的叛军、队友负伤、爆炸和混乱的场景，这元素可以地调动玩的绪，让阶段压抑的绪以释。