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1991年，距离独立日战争已经过去了十多年了。此时第三新东京市已经建造完成并开始运行多年。
在第三新东京市的居民大部分为军人的家属，变种人和外星人。
因为独立日战争使得外星人被迫公开，故此在与安理会沟通后，得到了他们的同意，第三新东京市对外星人开放。
在这里外星人不需要遮掩自己的样貌，可以大大方方的出现在第三新东京市。
人类总是在寻找新奇和刺激，虽然独立日给各国带来了伤害，不过时间已经过去了十年，一部分人已经忘了当时的恐惧。
带着对外星人的好奇，第三新东京市竟然发展起了旅游业，每年都有不计其数的各国公民不远万里坐飞机来到第三新东京市。
一是为了外星人，二也是见识一下第三新东京市的超高科技产物，天井都市。
每当夜晚降临，大楼便会降落进入地底空洞，而在清晨升起，迎接第一缕阳光。
天井都市下的地底空洞，这里是第三新东京市的核心，NERV司令部。
NERV最高领导为司令莱维佛福特，副司令佩姬卡特。
接下来分为管理部，管理一课(人事)、二课(训练)、三课(设施)、四课(补给)
战术作战部，作战一局（MIB下的军队，主要负责对外星人作战。），二局（欧罗巴魔法部），三局（正十字骑士团）
科学调查分析部，原MIB探员，主要负责对地球外星事件的调查和分析。
技术开发部，原MIB科研部门以及汉默工业
其余类似于总务部，特务部（大陆酒店的杀手们）等等
可以说如今NERV的发展十分的迅速，已经成为了庞然大物，达到了各国默许其成为一个独立的王国。
此时NERV地下空洞，司令指挥部内。
大家显得都有些悠闲，喝着咖啡，监控着地球外的一切。
不过很快大家就悠闲不了，MAGI发出了警报，地球外有空间能量涌现，有人空间跳跃到了地球轨道外。
但是近日来第三新东京市并没有收到申请，所以这是路过还是别有目的。
无论是哪一种，现在所有人都忙碌起来。
一艘，一艘，一个舰队出现在地球之外。
“是克里帝国，是克里帝国指控者罗南的专属舰队。”
克里帝国，对于NERV的人来说也算是一个熟悉的名称。
因为在几年前通过银河共和国的情报，NERV得知了德鲁克星的虫族人入侵就是收到了克里帝国的指派。
所以这一次克里帝国指挥着罗南率领舰队出现在地球外，所有人明白在这一次来者不善。
最先得到消息的是居住于第三新东京市的副司令佩姬卡特。
“是克里人么。”
在得到肯定回答后，佩姬卡特没有犹豫直接下令道，“拉响警报，天井都市准备下沉，通知作战一局进入戒备状态，所有飞行员就位，准备上空。”
“了解。”
看着手下忙碌，佩姬卡特拿起手边的电话通知莱维·佛福特。
就在NERV进入戒备状态是，外太空克里舰队的主舰上，罗南俯视着这个美丽的星球，喃喃自语道，
“就是这个星球夺走了宇宙灵球么，还真是美丽的星球，可惜就要被毁了啊。”
又注视了一会儿，罗南道，“向米德加尔特扔下导弹，毁了他们。”
很快克里舰队就开始行动起来，炮口打开向着地球扔下了一颗颗导弹，垂直落下。
罗南的眼神十分的平静，他相信之前科拉斯的失误只是因为疏忽大意，且米德加尔特个别人特别的强。
毕竟好像曾经克里人在这里做个实验，也许是当时的遗留吧。
不过罗南不相信，整个米德加尔特都会那么强，如果是这样米德加尔特一早就名动宇宙了，那会落魄到现在，不调查根本没人知道这颗星球。
罗南注视着导弹飞速的落下，突然罗南的眉头一挑。
无数激光自地球表面射出，直接将克里人的导弹却不炸毁，一点都没有剩下。
一艘艘VF系列的飞机借着在第三新东京市建立的质量加速器，笔直的朝着天空而去。
质量加速器来自于高达seed，一个加速庞大的工具，能够将物体送上太空的巨大发射机。
通过加速器VF很快就来到了地球近轨附近。
令人奇怪的是看着地球的战机上空，克里人竟然一点反应都没有就这样目视着VF飞上天空，排列好阵型严阵以待。
已经来到总部的莱维望着克里人的行为，不满的撇撇嘴，嘀咕道，“外星人的傲慢。”
“史蒂夫，听得见么。”
升级成为NERV一块砖的美队答道，“听得见，司令请吩咐。”
“让他们见识一下地球的实力，给老子弄死他们。”
“了解。”美队马上回应，之后在频道中说道，“所有人都有，让他们认识一下我们地球人，史蒂夫·罗杰斯，出发。”
美队首当其冲带着训练已久的VF系列的太空战机队伍向着克里人出发。
罗南望着VF战机，只感觉他们好像扑向火堆的飞蛾一般，冷漠的下达命令道，“将战机派出去，让他们知道什么叫做绝望。”
罗南的副手答了一声，正要下去吩咐的时候，舰队的后面响起了警报。
画面第一时间传达到罗南的面前，望着舰队上面的表示罗南的眉头一挑，是阿斯加德的军队。
此时克里舰队算是被前后夹击了，更可怕的是阿斯加德的军队不逊于克里舰队，而且他们身后还有可怕的彩虹桥。
彩虹桥不单单是传送工具，它还能够成为超远程大功率破坏性武器。
在雷神中洛基就曾经想用彩虹桥毁了约顿海姆。
“现在怎么办。”
罗南眉头紧锁良久，道，“打，就这样灰溜溜的回去，别人会如何看我们克里人。
舰队开始变化阵型，一前一后，6成力量对着米德加尔特先把他们吞了，然后再去对付后面的阿斯加德人。”
副手听完没有半分的犹豫当即下命令，太空中的克里舰队开始变化阵型，抵挡来自前后的敌人。
此时阿斯加德指挥，托尔望着克里舰队的变化，马上就明白了罗南的打算。
克里人不怂，阿斯加德更没有理由怂了，托尔举起雷神之锤大吼道，“阿斯加德万岁~~~”
与此同时，地球，第三新东京市，地下空洞的电梯中。
一个皮肤灰白好像老头，样子却完全有别于地球人的老家伙出现在这里，他的身边还有着身材高大，灰色皮肤，握着一把大锤的外星人跟在他的身边。
他们两个人是灭霸的黑暗教团的黑曜五将乌木喉以及黑矮星。
两人很快就被戒备的探员发现，“你们...”
乌木喉手指轻轻一勾，戒备的探员倒飞出去撞在墙上，一口鲜血吐出，但落在地上已经没有呼吸了。
乌木喉缓缓的从地上漂浮起来，向着NERV的司令部走去。