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夜晚，日香躺在床上，着上真嗣所说的话，一无法入睡。也上的，真嗣近也不怎跟日香触了。
二，驾驶员们在实验室内受着同步率测验，真嗣和绫波的，是日香的同步率却没有上升，而比以下降了。
美里：日香，没睡着吧？
日香答没有，而赤木觉得是上和徒作战的，徒窥视了日香的内心，导致日香恢复不到以的状态。
而另一边，SEELE在责怪碇源堂私自用朗努斯枪，凭现在SEELE的能力，还不足以将朗努斯收，而EVA列还没有到达预定数。
碇司令：歼灭徒优，这也是不得已而为。
SEELE觉得他在找借口，码也要找个有说服力的借口。而且近碇源堂的行为让SEELE无法忍受。
这时，桌上一旁的电话响了。
碇司令：冬月，我现在还开着审议会呢。嗯？了。
碇司令：现在徒在靠近，会议留到后再开吧。
SEELE同了。是这依没有消除碇源堂企图背叛的嫌疑。
作战挥边，美里下令了，让二号和零号应战，初号以美里的权限还无法除冻结。
司令赶到了挥，下令出击零号，在出击二号。让零号吸引徒注力，再让二号给致一击。
零号，二号，后发射，到达目的地。真嗣也赶到了挥。
真嗣：美里小姐，这让我来挥吧，我实在不心们两个。可以吗，老爸。
碇司令：要战斗能赢就行。
真嗣：是。现在的况怎样。
统显示，徒现在的模从蓝色变为橙色在发生周变，MAGI也无法答状况。
真嗣：蓝变橙，周变，身成环状结构，可能拥有改变身的能力，不对付啊。
真嗣：绫波，零号是防御型的EVA对吧，打开数传送，再试探一下，后数传送到MAGI上，后拖延时间，让MAGI
有足够的计算时间。
绫波听从挥，试探徒。刚靠近徒，徒就从的环变成了线型，猛的冲零号，零号的身和at立场穿过，零号抓徒就是一顿扫射，没能伤徒一分。徒与零号发生融，at立场也在侵蚀。零号瘫倒在地。
日香见状立刻上将徒从零号身里拔出，扔出了。
真嗣：绫波！老爸，可以除初号的冻结吗，我帮助同伴。
另一边，拔出的徒显没有收手的思，再冲零号，且将二号缠的不可动弹。零号再徒贯穿身，侵蚀的速也不断快。
真嗣：老爸！
碇司令：将初号的冻结除，立刻出击。
真嗣：Gotit。（白）
真嗣快速的跑着初号的地方，连作战服没穿就坐上了初号。
初号到达战场，运输台刚除拘束真嗣就二话不说奔徒。
初号快速的将缠在二号身上的徒开，猛的一拉，将零号身里的徒拉了出来，且丢了出。
真嗣：绫波，没吧。
初号将零号扶。
真嗣：还有，徒刚刚缠的松，怎就挣脱不了啊。还有，近的同步率是怎啊，比以差了多。
日香没有答，是低着头不说话。
真嗣：怎？是上的话没听懂吗？我用简单的语言告诉了。内心窥视不可怕，可怕的是会打败。自从上和个球一样的徒战斗后，我也有一小段时间和一样。是又为我困在初号里时，我白了，内心深处一切，是在约束自己，敞开心扉，迎未的一切，才是着的义。
日香顿悟了，白了着的真谛。他什的内心，自己，开自己，不自己约束，出完美的自己。
日香：来，是这样啊。
日香振作，统检测日香的同步率逐步上升，渐渐的稳定了。
日香：没错，出的自己。
真嗣的话让日香充满了自信，人再作一与徒战斗。
人：高振动粒子刀，启动！
人已经完全进入作战状态，徒也再与对决。
徒快速的冲初号，是一刀挡下，日香与绫波趁砍了徒两刀，徒发出惨叫。随后变了环，以高速旋转的方冲EVA。
二号和零号两边跳开，而初号一个后弯腰躲过攻击，将手一抬，又给徒割了个口子。
真嗣：这徒也不啊，一击必杀怎样？
两人示同。徒这以高速移动，且将人围在中间，不断缩小范围。人挤得快要动不了时，真嗣冲了出，撞徒，高振动粒子刀也撞烂了。真嗣用手将徒抓住，徒产生侵蚀，真嗣启动了另一高振动粒子刀。
真嗣：绫波，日香，快！
两人跳用粒子刀将徒切断，真嗣也切断了徒。分成份的徒也不动了，停止了侵蚀。
见徒倒下，真嗣松了一口气，报告了状况，人准备要，是MAGI仍检测到徒的生迹。一头，分尸的徒没有死，们再冲EVA，真嗣和绫波应过来躲开了攻击，是日香却没有，分尸的徒的中两个插入二号内，用了身小的点，紧紧的插在里面。另两个则与初号和零号纠缠。目标变小，速又快，难打中。
碇司令：启动二号的自爆模。
真嗣：不行！再一下，我马上就来救日香了。
碇司令：现在自爆是为有效为简便的方法了，为多数人牺牲少数人吧。
真嗣：不行！
真嗣快速的决了个徒后，二号跑。
碇司令：丽，阻止他。
丽：是。
绫波也将徒决，后将初号拦下。
真嗣：快住手啊！可是一条生呐！
碇源堂没有听真嗣说的，继续下达自爆令。随着一声巨响，二号自爆，零号开了初号。在烟雾缭绕中，初号走了几步，颤抖的手伸出，仿佛抓住什，随后倒下。
夜晚，真嗣一个人孤独的呆在房间里，他坐在床上，透露着一种绝望的。他无法，无法父亲为什要让二号自爆，将日香杀死。泪，了下来。
一夜未眠的真嗣迎来二，和昨晚一样颓废着。将自己锁在房间里，一没出来。
到赤木打来的一电话。
真嗣：喂。
真嗣从床上坐。
真嗣：真的吗！日香，还着！我马上到！
一日香还没死的电话让真嗣站了来，他立刻跑医院，到达病房门，在面透过玻璃到了里面的。
日香躺在病床上，旁边的医用仪器检测一切，日香一处于昏迷状态。
赤木：抱歉，没能救醒。
真嗣：没关，我现在希望能着就，让醒来的方法我会找的，就不捞们费心了。
另一边，SEELE在讨论着《人类补完计划》，决了3~16徒，还差一个徒，约定时间就要到了。这条漫漫长终于要迎来结尾。
于二号的自爆，产生了一个巨坑，后来变成了人工湖，真嗣时不时会到哪里，眺望远方。
废弃学校边，巧也得时，开心到笑出了声。
巧：哈哈哈！一切，现在要在后动一点小手脚，群老人们的计划就将完全泡汤！真是谢谢呢，碇源堂。
蓝格雷：了，笑这大声啊，怪吵的。
巧：下来差不多该见见我们的老朋友了。
蓝格雷：他吗？
巧：没错，就是他，渚薰。
章集-完。
预告：少年守护的城市与人消失了，另一个与绫波一样的白发少年渚薰的到来。巧与他又有什关呢？
章集-后的（死）