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两个年轻人正在做实验，那是年轻的牛顿和他的好友约翰‧威肯斯，他们正在屋子内秘密的研究炼金术，在两人不断尝试之下，终于提炼出一种神奇、具有魔力通体黝黑的石头，它仿佛能吸收光线一样，使人看不清楚它确切的形状，将一根火柴在它周遭点燃，燃烧的火苗会立刻朝着那黑石飞去，然后消失。
在牵引的过程中，原本火柴产生的细微火焰会愈烧愈大，且不断延伸，直至火柴头上的燃烧物质用尽为止、若是在它旁边点燃煤油灯，则煤油上的灯火也会变得异常的狂野，燃烧的火焰会笔直的朝黑石飞去，然后被那物质吸收。
那奇异的黑石除了会吸取火焰外，还有许多奇妙的特性，将它投入装满水银的烧杯，它周遭的水银会立刻分开，将它丢进烧得通红的煤炭内，可以让锅炉迅速降温，在打着闪电的暴风雨来临时，带着它往外跑，既可吸引闪电，又不伤害到持有者，这玩意是如此不可思议，它就像可以无限吸纳自然界的能量一样。
牛顿和威肯斯对此都兴奋不已，他们深信这很可能就是记载在于古老文献中的『贤者之石』，依据古书的描述，『贤者之石』是一种类似催化剂或是药引的东西，在铅、水银等金属炼制的过程中加入此物，物质会立刻变成黄金，但他们始终找不到方法来融化这个东西，让它和其他金属产生作用。
他们尝试了无数种的方法来分解它，但它比任何物质都要坚硬，敲不坏、打不破、若尝试将它放在火上烤，它则会将火焰吸收、将它放在烧瓶内煮，它会将水分开。在无数次的失败后，牛顿和威肯斯都感到相当懊恼与沮丧，这感觉就像在一个饱受饥寒交迫的人面前放上一盘热腾腾的美食，就放在他的眼前，但无论如何他就是无法吃到，不论那人如何努力，始终就是差这么一点，只能眼睁睁的看着那盘美食流口水。
在一个暴风雨来袭的夜晚，云层深处不断冒出蓝色刺眼的电光，伴随着惊心动魄的轰隆声，狂风呼啸将雨滴变成一颗颗从天上砸落的碎石，闪电如同天上的巨斧，从空劈下，纷纷不绝，在天空中交织成一道又一道的电网。
此时饱尝失望、暴躁、焦虑的牛顿，生气的将黑石从炼制的大釜中取了出来扔出木棚，和之前一样，黑石立刻吸引了巨大的闪电劈向自己，甚至把云层中还在酝酿中的电流都吸了下来。
雷电不断的劈下，木棚内好几间房间也瞬间被击塌，牛顿和威肯斯两人害怕极了，从万丈高空落下的闪电不断、密集的落在他们四周，但大多数的闪电在他们上方近百呎处时就突然转向，朝黑石击去，蕴含巨大自然能量的闪电一接触到那个物质便凭空消失了。
天上的雷神像是认为自己的能力被挑战了一样，发怒似的，将云层中的闪电不断聚集，直至汇成一道最大、最后的电斧，朝它劈下，那物体顿时消失成粉末，从中心喷射出如鬼魅般的黑色烟雾，和周遭的电网接触后，幽灵般的烟雾变成一幕幕的明亮的影像，躲在牛棚里的牛顿和威肯斯目睹了一切，从那些画面中他们各自看到了他们的一生，从小到现在一直到老，他们目瞪口呆的看着这些凭空出现的影像。
接着画面消失了，天上的闪电也没了，只剩下大雨和狂风仍在肆虐，但云层中，再看也不见一丁点的电光，黑石也消失了，只在空间中留下一道比黑暗更暗沉的痕迹，像空间的裂缝一般，但很快的也消散的无影无踪。
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牛顿和威肯斯过了好久，才能从这奇幻的景色中清醒，聪明的两人都知道那影像所代表的意思，那是他们的一生，是上帝设定好的剧本，但从此开始，两人也出现了分歧点。
牛顿认为未来是可以改变的，但虔诚的威肯斯认为不应该有此想法，他对牛顿说这种想法等于是在挑战上帝，两人为此大吵了一架，争论最根本的信仰问题，牛顿认为这世上不可能只存在一个没有选择、决定好的人生，一定有其他改变未来的方式，威肯斯则认为应该生命依照上帝设定好的路走，不可以怀疑，更不应尝试改变，两人从此分道扬镳。
之后的日子，牛顿仍没有停止对于炼金术的研究，一直晚期，才接受威肯斯的观点，并享受这一切，他称自己为被上帝选中的人，注定生而不凡，所有批评、反对他的人都受到打压与刻薄地羞辱，与此同时他也培养了一群死忠的追随者，享受他们的赞美，因为他─艾萨克‧牛顿注定生而不凡。[1]
一直到牛顿去世前都没有放弃研究炼金术，透过各种管道不断搜集世界各地有关于炼金术的著作，直至晚年，才终于炼制出了一块洁白无瑕的白石。
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接着画面切换成描述约翰‧威肯斯的故事，他知道辅助牛顿实现天命是他的使命，但当牛顿企图扭转天命时，他认为自己的使命已经完成了，于是选择离开。
牛顿临终前寄了一块白色的石头给他，并承认当时自己妄想试图挑战上帝的想法是错误的，他可以预测日蚀的发生、星球运转的轨道、发现隐匿于自然的法则、万有引力，甚至可以预测世界末日发生的日期[2]，但他却无法改变这一切。
他告诉约翰这块石头拥有不可思议的魔力，他无法透漏自己是如何炼制出这颗白石，但他相信这就是宇宙生成的第一元素[3]，而这个东西可以延迟世界的毁灭，但需要有人牺牲才会发生作用，在末日到来的那一天，把这块石头传给愿意牺牲的人，影像又逐渐模糊。
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[1]历史学家麦纽尔(FrankE.Manuel)用以下文字形容牛顿：「强烈的独立性格，坚信上帝特别挑选他出来，担任造物主与凡人之间的媒介，他相信自己无所不能。
[2]牛顿预言世界末日的日期是西元2132年。
[3]第一元素又称为原生元素(primamaterial)，炼金术士认为，第一元素至宇宙创造时就存在，万物都是由第一元素生成、变化所形成，因此从物质中提炼出第一元素，是炼金术士的首要工作，古希腊哲学家亚里斯多德就将第一元素视为万物生成的种子，进而演化成火、气、水、土等组成物质的四元素，因不同的组合成分而形成不同的变化，金属也是如此，所以炼金术士才会有可将贱金属提炼成黄金的想法。