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第二阶段的研究则涉及到人体的基本物质组成，这是第一个阶段的延续和深入。
大破灭人想要知道细胞为什么会有分裂寿命，为什么细胞会病变坏死，如果能够找到原因并加以修改，或许就能让细胞无限分裂下去，在病变的情况下有能力完成自我修复，自然也能让人体这台机器永久的运行下去。
他们找到了细胞端粒，并制造出了可以无限分裂、且有能力进行自我修复的超级干细胞基因，这便是当下这个所谓的“修炼文明”的起源。
因为这些修炼者，就是当时参与过第二阶段基因和细胞强化实验的那批人的后代，他们体内的基因可以让他们拥有无限分裂以及储存大量生物能量的超级干细胞。这种超级干细胞有些类似于骨髓干细胞，能够分裂成体内任何其他组织的细胞，但却拥有更加强大的能力。
举个例子，如果一个正常人的肺组织被破坏了，那么这个人很快会呼吸衰竭而死，因为正常人在身体还没来得及完成自我修复过程的情况下，就已经缺氧而死了。但体内拥有大量超级干细胞的修炼者却不同，这些超级干细胞能够以远超普通细胞的速度分裂出肺组织细胞，并填补肺组织的空缺，以达到修复的目的。这个过程中，这些超级细胞还能够临时发挥肺部细胞呼吸的作用，让人不至于立刻缺氧而死。这就是为什么大成境大圆满的修炼者，在心脏被刺破的情况下，仍然有很大几率活过来的原因。
然而，要想收获多少，就必须要相对应的付出多少，想干多大的事情，就需要多大的能量，这是不变的法则。
虽然修炼者这种“进化人”因体内拥有超级干细胞的基因而天生携带超级干细胞，但在他们刚出生的时候，这些超级干细胞的数量却十分的稀少，因为这种细胞每次分裂复制都要消耗比普通干细胞多出很多倍的能量，一般的母体是不可能提供如此庞大的能量供胎儿制造大量超级干细胞的。但好在人生下来之后，便能够通过多种方式从外界获取更多的能量，来为超级干细胞的分裂复制提供能量基础，是为修炼。
从这个角度来说，修炼者所谓的修炼便是炼髓，炼骨髓干细胞。而随着修炼的不断加深，他们体内的超级细胞越来越多，可爆发出的能量越来越大，身体素质越来越强，寿命自然也越来越长。
当然了，冰焰女皇的解释只是从本质上介绍了修炼者诞生的基本原理，真正的修炼是不可能这么简单的，其中还涉及到对能量的操控和运用，更是涉及到能量在经络中的运行。
研究到了这里，似乎已经看到了胜利的曙光，但可惜的是，瓶颈再次出现了。
这种超级干细胞能够强化人的躯体，而且达到完美状态之后，甚至可以使人停止衰老，但却不能完美的应用到身体的所有部位，其中最大的障碍便是大脑，这个人类身体的控制中枢、储存着人类记忆、决定着人的思维判断的神奇所在，其复杂程度已经超出了当时科学的边界。
具体来说，研究所面临的实际问题就是，这些身体进化至“完美状态”的人，一旦活过了一定的年岁，便会出现思维错乱、意识混乱、记忆无法存储等一系列的问题，给人的感觉就像是脑容量不够了一般。而一旦大脑坏死，身体失去了控制中枢，纵然再怎么强大，也必然也无法永存下去。
因此，每一个大成境大圆满修炼者的最终归宿都是一样的：带着充满活力的年轻躯体死去……
科学研究就是要翻过一座又一座的大山、克服一个又一个的困难，因此，探索人体奥秘的进程并不会就此停滞。
理论上来讲，第三阶段的研究应该是关于脑细胞的研究，或是破解脑细胞存储记忆思维的模式，亦或是从基因的角度找到匹配脑细胞的修改模式。
然而，科学攻坚必然会出现的现象就是百家争鸣。让科学家始料未及的是，人体科学井喷式的发展使得无数研究者选择了另辟蹊径，但却彻底的打开了人体的“潘多拉魔盒”。
至此之后，关于人体基因修改、人造人、意识编辑、思维转移等一系列五花八门的研究机构，就如同雨后春笋一般在这片大陆诞生。
到了这个阶段，已经有科学家开始意识到：所谓的长生不仅仅是强大的躯体，更是记忆和信息的分享、以及传承。
就拿影响力最大的“造神计划”来说，它的提出者思想十分的极端，他认为人类的躯体本就是进化过程中的一个残次品，无论你在上面打多少的补丁，附加多少的功能，都改变不了它先天的局限性。因此，他认为应该直接摒弃掉人类的躯体模式，试图从最根本的物质结构上创造出新的人体模式。包括记忆和思维的运行模式，也应该用更加强大的信息记录方式进行重新编辑，并扬言要开启低阶人类文明创造高阶神级文明的大门。
当造神计划开始实施的时候，人体密码的破解就已经不仅仅是生物学家的工作了，他是生物学家、物理学家、化学家、信息类科学家等各个门类团体合作的一次大战役。
简单来说，他们的思路就是利用物理技术打印出一个超级“神体”，然后再把人的记忆和思维按照人类自己的设计程序重新编辑进去，并给予它独立的思考能力和思维自由度。
要做到这一点到底有多难，陆天宇不知道，但他发现自己似乎可以理解这个方法的可操作性，并且打心眼里赞同这个研究方向。
关于“神体”的打造，陆天宇认为并不是技术难点，可以仿效涡虫的无限复原基因，也可以采用高级人工材料合成技术，就算是修炼出的大成境大圆满的人类躯体，也可以勉强算得上是神体，关键在于意识的重新编辑上，因为前两个阶段的研究瓶颈恰恰就卡在人类的大脑意识问题上。
陆天宇的理解是，撇开情感模式和独立思考能力不说，人体本质上就是一台电脑，人的大脑好比是电脑的cpu和内存硬盘，眼睛是摄像头，人的语言是电脑显示器，四肢则是键盘、鼠标、传感器等。而人类生活在自然界，其实就是不断的搜集各种信息并储存在大脑里的过程，而大脑这块硬盘也有存满的一天，这个时候，人就会选择性的遗忘一些不重要的记忆，就像我们删除掉电脑中的一些不重要信息以腾出空间是一个道理。
对比两者之后，你会发现电脑的发展方向与人类进化的方向本质上是一样的。随着电脑技术的发展，购买者追求的自然是越来越多的存储空间和越来越快的处理速度，但这必须建立在机身总线、硬盘技术和中央处理器等一些列硬件同时升级的基础上。而人类大成境大圆满的修炼者出现“脑死身不死”的状态，便如同这电脑升级过程中机身升级而CPU落后的现象。试想：一台先进的电脑安装一个极其落后的CPU，唯一的结果就是这块CPU最终会烧掉。
然而，两者最大的区别又在于，电脑可以通过更换机箱、总线、硬盘、内存、CPU等硬件而实现整体性能的升级，可人类要如何更换，换一个大脑？可那还是本人吗？而且如果大脑没有得到升级，就好比同一代的CPU换上去并不会增高架电脑的性能。
显然，这个“造神计划”的提出者已经发现了这个问题，试图从根本上重新解析人类的思维和记忆，按照全新的、更加强大存储和处理模式来编辑人类的思维。
比如目前的电脑是采用“0”“1”二进制的方式进行信息的存储和编辑的，一个点阵只能储存“0”“1”两条信息，但如果信息工程师做出的是三进制，则一个点阵可以储存“0”“1”“2”三条信息。在点阵总数量一定的情况下，三进制所能够存储的信息自然远远大于二进制。
如此推理下去，如果人的大脑也能这样把二进制改成三进制甚至是多进制的话，那么人脑的信息存储和处理方式便会得到革新。当然这只是个例子，并不是进制数越多越好，过多的话会导致处理信息的速度减慢，也不是真的要把二进制改成三进制，只是说明存储和处理技术是可以操作的。而更深层次的东西，以陆天宇目前的只是储备，是不可能想明白的。
我们不得不承认的是，电脑明明就是人类创造出来的，但无论是信息的存储量还是信息的处理速度，人类都远远不如电脑。一个小小的硬盘就可以存储亿万字的文档，但人类的大脑却不可能做到，一个普普通通的计算器，可以在几秒内计算出一个人一小时也算不出来的数据。这便是“造神计划”名称的来由，也就是所谓的低阶文明创造高阶文明的过程。。
然而，这里陆天宇忽略了一个最核心的问题，电脑的内存容量做的再大也是会有极限的，早晚也会面临容量爆满的一天，即使是最先进的电脑手机，用的久了也会卡顿和死机，这个时候通常的做法就是还原系统，一切清零之后重新来过。可是，电脑尚且可以还原系统，那么人又该如何还原系统？最关键的是电脑还原系统之后，一切核心数据都将会清零，那么人脑中的数据清零之后又会是何等模样？
这个计划的最终归宿不得而知，但就目前来看，似乎并没有形成他们口中的一个神级文明。